En los últimos años, las altas tasas de crecimiento poblacional, la industrialización, la revolución agrícola y la urbanización han sido las causas de serios problemas ambientales, tanto en Colombia como en los demás países en vía de desarrollo. Esta crisis tiene su componente ecológico y económico. Desde el punto de vista ecológico, la utilización excesiva de recursos, su mal aprovechamiento y la generación de residuos, han ocasionado serios e irreversibles daños a ecosistemas terrestres, acuáticos y marinos, que a su vez contribuyen a la pérdida de biodiversidad por la disminución y afectación de hábitats para todas las formas de vida. Desde el punto de vista económico, para producir bienes y servicios de consumo, las tecnologías contaminantes o tradicionales utilizan materiales o producen desechos que son química o biológicamente tóxicos, que afectan los ecosistemas.

En contraste con las tecnologías tradicionales, la carta de Río, estableció que las tecnologías ecológicas son una herramienta para el crecimiento económico sostenible, dado que reducen la contaminación y ayudan a descontaminar, moderan el consumo de energía y materias primas, brindan productos con mínimo o nulo impacto, reutilizan y reciclan elementos y permiten una coexistencia entre la naturaleza y el desarrollo. Como explica el Programa 21, las tecnologías ecológicas "no son meramente tecnologías aisladas, sino sistemas totales que incluyen conocimientos técnicos, procedimientos, bienes, servicios y equipos, al igual que procedimientos de organización y gestión".

Contrario a lo que se cree, la gran mayoría de las tecnologías ecológicas vienen aplicándose desde hace siglos en antiguas civilizaciones de Asia, Latinoamérica y África. Los chinos, por ejemplo llevan siglos utilizando sistemas integrados para la producción de alimentos (arroz y piscicultura) y los sinúes tenían un conocimiento del ciclo hidrológico, el que utilizaban según sus necesidades y requerimientos en la agricultura.

La maestría toma como base la investigación para desarrollar conceptos teóricos y prácticos asociados a las tecnologías ecológicas, relacionadas especialmente con la industria, la producción agrícola (agroecológica), el saneamiento (saneamiento ecológico), la biotecnología (biorremediación, fitorremediación), la recuperación de ecosistemas y las fuentes alternas de energía.